まず注意しなければならないのは、贈与税の発生です。妻が全資金を出資したのに、名義を夫にすると、妻から夫へ資金の贈与があったとみなされます。
住宅購入の際に、奥様が頭金をだした場合は、出した金額に応じて持分登記していれば、贈与税はかかりません。そうでない場合は夫婦間の贈与とみなされる可能性があります。
登記の比率は、自由に設定可能ですので、出し合った資金に応じて持分登記するのがよいと思います。
頭金の一部を妻名義の預貯金でまかなったときは負担割合で名義を分ける必要があります。また、住宅ローンにおいては、夫婦共働きので、ふたりでローンを返済している場合、それぞれの年収に応じて名義を按分することができます。